Die Stimmberechtigten der Gemeinde sind die oberste Ebene im Gemeindeaufbau. Diese hat vorwiegend rechtsetzenden Charakter und wird als Legislative bezeichnet. Die Stimmberechtigten können einerseits an der Urne zu bestimmten Sachthemen Stellung beziehen und Behördenmitglieder wählen. Andererseits können sie an Gemeindeversammlungen mitwirken und abstimmen. Im Kanton Zürich gibt es zudem aktuell 13 Parlamentsgemeinden. In diesen tritt das Gemeindeparlament an die Stelle der Gemeindeversammlung.
Die kommunale Exekutive, der Gemeindevorstand, bildet die Schnittstelle zwischen der Legislative und der Gemeindeverwaltung. Im allgemeinen Sprachgebrauch wird die Exekutive in Versammlungsgemeinden Gemeinderat und in Parlamentsgemeinden Stadtrat genannt. In der Regel werden den Gemeindevorstandsmitgliedern Ressorts zugewiesen. Die Gemeindepräsidentin oder der Gemeindepräsident leitet die Exekutive.
Der Gemeindevorstand führt die Gemeindeverwaltung. In aller Regel ist die Leitung der Verwaltung an Gemeindeangestellte delegiert. In jeder Gemeinde gibt es für diese Aufgabe einen Gemeindeschreiber oder eine Gemeindeschreiberin. In der Ausgestaltung der Organisation der kommunalen Verwaltung verfügen die Gemeinden über eine grosse Freiheit.
Zu den obligatorischen Organen der Gemeinde gehört die Rechnungsprüfungskommission (RPK). In Parlamentsgemeinden ist diese eine Kommission des Parlamentes. Parlamentsgemeinden müssen, Versammlungsgemeinden können zudem eine Geschäftsprüfungskommission haben. Diese beiden Organe übernehmen an der Schnittstelle zwischen Legislative und Exekutive eine wichtige Überwachungs- und Kontrollfunktion. Führt eine Gemeinde die Schulaufgaben, ist auch eine Schulpflege Pflicht.
Dazu kommen je nach eigener Ausgestaltung der Gemeinde weitere eigenständige oder unterstellte Kommissionen. Das kann zum Beispiel eine Baukommission, eine Sozialkommission oder eine Bibliothekkommission sein.